新疆文物考古研究所的前身為新疆維吾爾族自治區社會科學院考古研究所,1978年籌建新疆社會科學院時,在原新疆博物館考古隊基礎上組建。1986年更名為新疆文物考古研究所,隸屬於新疆維吾爾族自治區文化廳。所內設考古部、文物保護技術部和辦公室。現有編制52人,其中研究館員3人、副研究館員12人、二組攝影師2人、館員近20人。穆舜英、王炳華、王明哲曾先後任所長、副所長。現任副所長有伊弟利斯．阿不都熱蘇勒、于志勇、張玉忠。

本所主要承擔全區文物保護、調查、發掘和考古研究任務。20餘年來所取得的文物考古工作成果顯著。80年代末組織指導完成了全區文物普查,共調查文物點近4000處。已發掘古墓葬、古遺址近百處。主要有:吐魯番交河故城溝西舊石器點、羅佈泊孔雀河古墓溝、哈密天山北路、五堡墓葬,巴里坤蘭州灣子石結構建築遺址,吐魯番盆地的蘇貝希、洋海、三個橋、交河石城溝北溝西、天山阿拉溝墓葬,烏魯木齊烏拉泊、柴窩堡、吉木薩爾大龍口、石河子南山墓葬,伊犁河谷的新源鐵木里克、黑山頭、特克斯一牧場、察佈查爾索墩佈拉克墓葬、尼勒克努拉賽銅礦遺址,和靜察吾乎溝口、拜城克孜爾水庫、洛浦山普拉、尉犁營盤墓葬,以及樓蘭古城、尼雅遺址、圓沙古城及其周圍的墓葬。尼雅和營盤墓葬的發掘曾被評為全國十大考古新發現。

在對外學術交流和科研成果方面也有長足的進展。組織實施了中日聯合尼雅遺址、中法聯合克里雅河流域的考古調查和發掘。與相關單位合作,在國外舉辦了《樓蘭王國美女展》(日本)、《克里雅河流域文物展》(法國),在上海、北京、杭州等地分別舉辦了《新疆絲路考古珍品展》、《新疆絲路文物精品展》、《絲綢之路尼雅出土文物展》。編輯出版了《新疆古代民族文物》、《新疆天山生殖崇拜岩畫》、《新疆彩陶》、《新疆絲路考古珍品》、《新疆文物古跡大觀》等圖錄和《新疆考古三十年》、《新疆文物考古新收獲》、《中日共同尼雅遺跡學術調查報告書》、《交河故城》、《新疆察吾乎》、《交河溝西》、《新疆山普拉》等考古報告專集。發表科研論文近千篇,部分成果獲國家和省部級優秀成果獎。

新疆文物考古研究所地址:烏魯木齊北京南路4號付4號;郵編:830011;電話:(0991)3837284、3837935;傳真:(0991)3830293。